Dom José Aparecido Gonçalves de Almeida nasceu no dia 21 de julho de 1960, em Ourinhos (SP). Frequentou o curso de filosofia no seminário arquidiocesano de Londrina (PR) por um ano, completando-o nas faculdades Associadas do Ipiranga (FAI), em São Paulo (1980-1982), onde também fez os estudos teológicos, na faculdade Nossa Senhora da Assunção (1983-1986). Foi ordenado presbítero na arquidiocese de São Paulo, no dia 21 de dezembro de 1986, e sucessivamente incardinado na diocese de Santo Amaro (SP), aos 15 de março de 1989.
Em 1990, foi enviado a Roma para uma especialização em Direito Canônico. Em 1994 foi convidado para trabalhar no Conselho Pontifício para os Textos Legislativos, exercendo a função de Adido de Secretaria até 2010. Em 2010, o Papa Bento XVI o nomeou prelado de honra de Sua Santidade e subsecretário do Dicastério, função que exerceu até à nomeação episcopal. Durante a sua permanência em Roma, prestou colaboração pastoral em várias atividades da diocese de Roma: foi capelão da Clínica Sacra Famiglia e confessor extraordinário da Basílica de São Pedro durante o Grande Jubileu do ano 2000.
Na Santa Sé, foi comissário para a defesa do vínculo das causas de Matrimônio ratificado e não consumado (pela Congregação para o Culto divino e a Disciplina dos Sacramentos, competência que passou a seguir para a Rota Romana); membro da Comissão de Arbitragem e Conciliação do Ofício do Trabalho da Sé Apostólica (ULSA).
Foi convidado a trabalhar também em diversas comissões interdicasteriais para estudar questões de governo da Igreja que envolviam a competência de vários dicastérios, além de várias colaborações ocasionais com outros; foi Consultor da Congregação para o Culto Divino e a Disciplina dos Sacramentos. Atualmente, colabora com a Congregação para os Institutos de Vida Consagrada e as Sociedades de Vida Apostólica como auxiliar de comissariamento de alguns institutos. Recebeu o título de doutorado em Direito Canônico pela Pontifícia Universidade Santa Cruz, em Roma.
Foi ordenado bispo auxiliar de Brasília em 13 de julho de 2013 pelo cardeal Sergio da Rocha. Após a transferência de dom Sergio da Rocha para a sede primacial de São Salvador da Bahia, Dom José Aparecido foi eleito dia 8 de junho de 2020 para a função de administrador diocesano de Brasília até dia 12/12/2020. Na CNBB, colaborou na tradução brasileira do Missal Romano e também integrou a comissão de elaboração do Novo Estatuto e Regimento da instituição.
O Santo Padre nomeou Dom José Aparecido Gonçalves, como novo bispo para a Diocese de Itumbiara, em Goiás, no mesmo dia que marca a sua ordenação episcopal: em 13 de julho. Ele tomou posse da diocese no dia 09 de setembro de 2023.
